Hana yori dango raconte l'histoire de Tsukushi Makino, seize ans, dont les parents ont tout sacrifié pour l'envoyer à Eitoku, l'école privée par excellence, dans l'espoir de récolter un beau et riche gendre.
La vision de Makino n'est pas vraiment la même. Il faut dire que l'ambiance qui règne là-bas est exécrable. Les élèves sont mauvais jusqu'à l'os (de vrais gosses de riches quoi) et surtout : Quiconque s'oppose aux F4 (les quatre garçons les plus riches de l'école) finit persécuté par tous les élèves. Makino, pourtant forte de caractère, décide donc de « purger » les deux ans qui lui restent sans se faire remarquer.
Mais voilà qu'un jour, l'amie de Makino trébuche sur Domyoji, le leader des F4. Celle-ci implore le pardon mais les garçons ne semblent pas très à l'écoute. C'est alors que Makino prend son courage à deux mains et défend son amie. La tension monte jusqu'à la déclaration de guerre ! Domyoji, le plus dangereux des 4, voit sa fierté bafouée et élabore toutes sortes de plans pour « torturer » Makino.
Reniée par toute l'école, Makino trouve du réconfort auprès de Hanazawa Rui, membre calme et réservé du F4. Bientôt sous le charme de celui-ci, Makino résiste et donne du fil a retordre aux trois autres. Elle est déterminée à ne pas se laisser faire et n'hésite pas à remettre Domyoji en place, ce qui ne le laisse pas indifférent. En effet, l'aspect indomptable de Makino lui rappelle sa s½ur Tsubaki, qui vit a Los Angeles.
Qui aurait cru que le fort caractère de Makino lui permettrait de s'intégrer au sein du F4 ? La plus pauvre du lycée qui traîne avec les plus riches et les plus populaires... Cette situation ne tarde pas à attirer la méchanceté des élèves envers Makino. Les épreuves sont dures mais notre héroïne se relève plus forte à chaque fois. Domyoji tombe peu à peu éperdument amoureux de Makino mais ne pense pas avant d'agir. Il ne connaît rien à l'amour et résout tout par la violence ou l'intimidation... Sa maladresse fait qu'elle le déteste toujours plus.